27 августа 2021 года Министерство юстиции Российской Федерации выдало Свидетельство о государственной регистрации некоммерческой организации «Ассоциация «Совет по протестантскому образованию».
В правление Совета были избраны ректоры шести протестантских учебных заведений:
Аликин Валерий Александрович – Религиозная организация – духовная образовательная организация высшего образования евангельских христиан-баптистов «Санкт-Петербургский Христианский Университет»
Лаптев Иван Сергеевич – Религиозная духовная образовательная организация высшего образования «Теологический институт Евангелическо-лютеранской Церкви Ингрии»
Тихомиров Антон Владимирович – Религиозная духовная образовательная организация высшего образования «Теологическая семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви»
Горбачев Алексей Леонидович – Религиозная организация – духовная образовательная организация дополнительного профессионального образования христиан веры евангельской (пятидесятников) Евроазиатская богословская семинария
Ястржембский Сергей Владимирович – Религиозная организация – духовная образовательная организация высшего образования Московский теологический институт христиан веры евангельской,
Протасевич Борис Геннадьевич – Религиозная духовная образовательная организация высшего образования «Заокский университет Церкви Христиан-Адвентистов Седьмого Дня».
Председателем Совета на пять лет был избран ректор Заокского университета Церкви Христиан-Адвентистов Седьмого Дня Борис Протасевич.
Одна из первоочередных задач Совета — разработка Паспорта по Протестантской теологии в России.